8. detsembril 1948. aastal registreeriti lastekodusse esimene laps. Esimesteks elanikeks olid peamiselt orvud ja vallaslapsed. Alguses elas lastekodus üle 40-ne lapse, majas töötas 4 rühma ning igas rühmas oli 2 töötajat. Sellel ajal toodi hobusega Peetrimõisa karjalaudast (lastekodust 1,5 km kaugusel) piima, liha toimetati lastekodusse samuti hobusega ja seda Viiratsist, mis asub Väikemõisast 4 km kaugusel. Aastal 1950 oli lastekodu personali nimekirjas juba 33 töötajat. Ametikohtadeks olid: arst-pediaater, 16 meditsiiniõde, 7 põetajat, vanemmeditsiiniõde, 2 pesupesijat, 3 amme, majandusjuhataja, raamatupidaja, kokk, kokaabi, hobusemees, kütja, kojamees.

Esimeseks peaarstiks oli E. Pungaste. 1950-1952 oli peaarstiks Lazarovskaja. 1952-1955 oli peaarst Leo Kirotar. Tema töötamise ajal toimusid lastekodus mitmed uuenduslikud muutused. Esimeseks märkimisväärseks uuenduseks oli elektri panemine majja (kuni selle ajani kasutati petrooleumilampe). Samuti valmistati elektripump ja veepaak, mis paigaldati pööningule (maa seest läks vesi pumba jõul üles paaki).

Aastatel 1955-1963 oli peaarst Helga Lukka-Vallikivi. Tema tuli Väikemõisasse Rõugest. Väikemõisasse suunati ta tööle eesmärgiga parandada lastekodu olukorda. Põhjuseks oli, et Väikemõisa väikelastekodu oli pikemat aega olnud tervishoiu ministeeriumi allasutus ning niiöelda „musta lamba“ rollis. Süüdistati lastekodu kollektiivi, kus olevat suured sisemised lahkhelid. Uuele peaarstile tehti ettepanek vahetada välja kogu personal. Kuid tema seda ei teinud, vaid hakkas hoopis korraldama seminare ja kursuseid, kus õpetati töötajatele lihtsaid tõdesid, kuidas lastega ümber käia.

1965-1966 aastatel oli peaarst Meeri Jürgenson. 1966. aastal valmis joonis Väikemõisale kuuluvast maast ja hoonest, joonestajaks oli R. Sketschus.

Aastatel 1966-1985 oli peaarstiks Ester Pütsepp. 1969. aastal tehti lastekodu jaoks keskkütte projektid ja 1972-1976 pandigi majja keskkütte ning tehti majas põhjalik remont. Lastekodus oli lapsi nendel aastatel ligikaudu 60. Lapsed elasid Väikemõisa väikelastekodus kuni 3 eluaastani, seejärel saadeti nad teistesse lastekodudesse.

Aastal 1985 hakkas Väikemõisa Väikelastekodus tööle uus peaarst Lembe Leppmets. 1993 aastal tehti majas kapitaalremont, mille käigus muutus maja nii seest kui väljastpoolt väga palju. Hoone sai uue katuse ja fassaad uue värvikihi. 2001. aastal ehitati Ameerika sõdurite kaasabil lastekodu aeda aiamaja ja bassein. Väikemõisast ei saadetud 90.-ndate lõpust alates väikelapsi enam vanuse tõttu ära, nii elasid sellest alates lisaks väikelastele majas ka kooliealised lapsed. Lapsed käisid Väikemõisast Saarepeedile ja Viljandisse lasteaeda ja kooli.

Aastatel 2004 -2008 oli Väikemõisa Väikelastekodu juhatajaks Ilona Eesalu.

2008.a. 1. märtsil liideti Väikemõisa Väikelastekodu Viljandi lasteabi- ja sotsiaalkeskusele.